Кафедра математической кибернетики и информационных технологий ведет свою историю от момента создания кафедры импульсной и вычислительной техники в 1966 году. Первым заведующим кафедрой был назначен к.т.н., профессор Б.А. Калабеков. В разные годы руководителями кафедры являлись д.т.н., профессор, впоследствии президент Европейской Королевской Академии Информатизации Э.В.Евреинов, д.т.н., профессор Ю.В.Лазарев, д.т.н., профессор, действительный член IAI и NYAS В.А.Докучаев. В своем нынешнем виде кафедра математической кибернетики и информационных технологий была сформирована в 2006 году после реорганизации кафедры Информационные технологии и системы. Возглавила кафедру д.т.н., профессор М.В.Яшина. C 2018 года заведующим кафедрой МКиИТ является Городничев М.Г.